История «Синтура» берёт своё начало в 1997 году, когда в Екатеринбурге была образована мини-футбольная школа «Синтур» как секция футбола на базе общеобразовательной школы №48. Тогда же были набраны две группы детей 1985 и 1986/1987 годов рождения. В 2004 году на основе воспитанников последних лет был создан мини-футбольный клуб «Синтур».

В первый же сезон команда заняла первое место в Чемпионате России по мини-футболу среди клубов второй лиги. В сезоне-2005/2006 «Синтур» дебютировал в первой лиге и уверенно одержал победу в этом турнире. А на следующий сезон команда завилась в Высшую лигу. В первый же год МФК «Синтур» занял 5 место, пройдя в зону плей-офф, где завершил борьбу на стадии 1/4 финала. Следующий год получился более удачным: команда заняла второе место в регулярном первенстве, а в плей-офф сумела дойти до финала.

Сезон-2008/2009 получился менее удачным. «Синтур» стал девятым в Высшей лиге, после чего было принято решение распустить профессиональную команду и сосредоточить внимание и финансовые возможности на выступлениях детских команд.

В 2022 году «Синтур» вернулся на взрослый уровень. Коллектив, составленный из воспитанников 2004 года рождения, принял участие в Первой лиге по мини-футболу, где, будучи одной из самых молодых команд турнира, сходу занял пятое место. В 2023 году началась новая веха в истории клуба. С привлечением дополнительных инвестиций, а также усилением состава перед командой были поставлены амбициозные задачи. В прошлом сезоне «Синтур» занял второе место в дивизионе «Центр» Первой лиги, а также в противостоянии с клубами Высшей лиги сумел выйти во второй раунд Кубка России.

В сезоне 2024/25 «Синтур» после 15-летнего перерыва вновь выступает в Высшей лиге.